Una partición NTFS es más segura y es muy sencillo convertir una FAT16 ó FAT32 a NFTS. NTFS (New Technology File System) es un sistema de archivos diseñado específicamente para Windows NT, con el objetivo de crear un sistema de archivos eficiente, robusto y con seguridad incorporada desde su base. Para convertir una partición FAT16 / FAT32 A NTFS, sigue estos pasos:
1- El primer paso es cerrar todos los programas que tengas en marcha.
2- Luego ve a Inicio -> Ejecutar, escribe "cmd" y pulsa "Enter" para entrar a la línea de comandos DOS.
3- Teclea: "convert X: /FS:NTFS (X corresponde a la letra de la unidad o partición a convertir)
4- Comenzará el proceso de conversión
5- Reinicia el sistema
6- ¡Listo! Notas: Ten presente que una unidad NTFS sólo se puede volver a formatear desde XP, Windows 95/98/Me ya no la reconocerán. Además no podrás volver de NTFS a FAT, para esto deberás formatear el disco a bajo nivel.

La diferencia entre utilizar un sistema u otro se basa fundamentalmente en la seguridad que ofrece NTFS frente a FAT32. Con NTFS podemos controlar el acceso de los usuarios que acceden a nuestro sistema, pudiendo seleccionar quien puede tener permisos de lectura, permisos de lectura/escritura, etc. Por ello es conveniente crear particiones con formato NTFS.
 Para saber que sistema de archivos tiene una unidad basta con abrir el explorador de windows y pulsar el botón derecho sobre la unidad que nos interese. Seleccionamos la opción Propiedades y aparece una pantalla parecida a la siguiente. Observamos como nos indica que la unidad D es FAT 32.

En el caso de que en nuestro sistema tengamos una partición con formato FAT32 en la que se encuentren datos, no podemos formatearla, porque en dicho caso perderíamos todos los datos. Para ello podemos ayudarnos de la utilidad CONVERT, incluida en el sistema. Lo primero que debemos hace es salir de todas las aplicaciones que estemos ejecutando. A continuación abrimos una consola de MSDOS (Inicio, Ejecutar, escribimos cmd y pulsamos Enter).

En la consola escribimos:
      convert X: /FS:NTFS
donde X es la letra de la unidad o partición a convertir. Podemos obtener más ayuda tecleando en la consola convert /?
En nuestro caso es la partición D: la que queremos convertir a NTFS, por lo que debemos de escribir: convert D: /FS:NTFS
 

Una vez hecho esto, se reinicia el sistema y evitamos realizar cualquier operación durante el reinicio del sistema para evitar problemas.
 Hay que tener en cuanta que una vez convertido a NTFS que los sistemas Windows 95/98/Me no la reconocen. Además una vez convertida en NTFS no se puede volver a convertir en FAT32.